Từ năm 1986 đến năm 1996, ông Lê Xuân Tùng phụ trách nhóm chuẩn bị phần kinh tế của Cương lĩnh xây dựng đất nước trong thời kỳ quá độ lên chủ nghĩa xã hội. Ông còn tham gia chuẩn bị văn kiện các kỳ họp Ban Chấp hành Trung ương, đặc biệt là Văn kiện Ban Chấp hành Trung ương lần VI, khoá VI (1989).